Dans une poêle légèrement huilée, faites fondre les tomates concassées avec les oignons et la gousse d'ail hachés, le thym, du sel et du poivre (30 min environ).
Lavez les courgettes et coupez-les en tranches.
Disposez la fondue de tomates au fond d'un plat à gratin et les courgettes dessus. Alternez les couches puis recouvrez avec la crème fraîche assaisonnée et additionnée de fromage râpé et de persil haché.
Mettez au four à 180°C (thermostat 6) pour une cuisson de 30 min.