Ebouillantez les tomates 10 secondes, rafraîchissez-les sous l’eau courante puis pelez-les. Retirez la partie plus ferme autour du pédoncule et faites s’écouler les graines.
Versez 2 dl d’eau dans une casserole et ajoutez le sucre et le sucre vanillé, les gousses de vanille fendues en deux, le zeste de citron et les brins de thym. Portez à ébullition et plongez-y les tomates. Laissez-les cuire à feu doux 20 mn en les retournant délicatement afin de ne pas les briser.
Egouttez les tomates dans une passoire au-dessus d’un bol afin de récupérer le sirop qu’elles contiennent encore. Versez-le dans la casserole, avec le sirop de cuisson, et portez à ébullition. Laissez cuire encore 10 mn environ, jusqu’à ce qu’il soit très sirupeux.
Laissez tiédir le sirop et plongez-y les tomates. Laissez reposer 6 h au réfrigérateur, avant de les servir glacées, parsemées de brins de basilic.
